Negara kita Malaysia sedang menuju ke arah negara maju. Masyarakat Islam khasnya memerlukan satu generasi yang berilmu dan beramal terutamanya untuk menghadapi cabaran-cabaran yang mendatang. Masyarakat Islam pada hari ini inginkan satu generasi pelapis yang cekal hati dan patuh kepada perintah-perintah Allah s.w.t Al-Quran dan Al-Hadith menjadi pegangan.

Selaras dengan hasrat tersebut, masyarakat Islam Changloon, Kubang Pasu telah bersatu dan berusaha untuk merealisasikan dan melahirkan generasi yang diharapkan. Dengan itu maka terbentuklah sebuah jawatankuasa Penaja Penubuhan Madrasah At-Toyyibah Changloon pada tahun 1993.

Sekolah Agama At-Toyyibah dibina diatas tanah wakaf seluas 2 relong di Kg. Pdg. Halban, Changloon, Kedah. Sesi pembelajaran telah bermula pada tahun 2001, dengan pengambilan pelajar menengah tingkatan satu. Sesi persekolahan bagi pelajar sekolah rendah dimulakan pada tahun 2005 dengan pengambilan pelajar tahun satu. Pada tahun 2006 pengambilan pelajar telah dibuka kepada pelajar tahun tiga dan empat. Sehingga kini Sekolah Agama At-Toyyibah hanya mengambil pelajar dari darjah satu sehingga tingkatan tiga sahaja. Bagi pelajar lepasan tingkatan tiga, mereka boleh menyambung pelajaran di mana-mana sekolah agama atau sekolah menengah kebangsaan.